WRF > CentOS6.8でのセットアップ [失敗編]

以下の作業はnetcdfのインストールに失敗しています。WRFのインストールまで完遂せず他の方法を調査中です

(追記 2016/11/04)
代わりに以下のリンク先の方法でセットアップしました。
http://qiita.com/7of9/items/8ff328ed1c144d659335

動作環境

CentOS 6.8 (64bit) : インストールしたて

参考 http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=5&t=7093

WRFのビルド

EPELリポジトリ追加

http://qiita.com/7of9/items/fea70dfa8823c5f2f948
に記載のようにEPELリポジトリを追加する。

これをしないとnetcdfなどがyum installでインストールされない。

関連のものをyumインストール

$ su -
# yum install zlib hdf5 hdf5-devel netcdf netcdf-devel netcdf-static openmpi openmpi-devel jasper jasper-libs jasper-devel

NCLインストール

Note: The only thing that won't work from distro packages is ncl. The distro package version is 6.0.x but 6.1+ is required. So do not try yum install ncl ncl-common ncl-devel ncl-examples
I got ncl 6.3 for Centos 6.x from here https://www.earthsystemgrid.org/dataset/ncl.html instead.

NCLのインストールは以下記載の通りに実施した。
http://qiita.com/7of9/items/fe9fa72aafe43d77708c

bashrc書替え

http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=5&t=7093
に.bash_profileの変更が記載されている。

こちらでは一般ユーザの.bashrcの変更とした。

コンパイル

WRFV3.6.1.TAR.gz をWRFのサイトから取得し、一般ユーザの~/以下に解凍した。

http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=5&t=7093
に記載の通り以下を実行した。

$ cd WRF4
$ ./configure
メニューのうち34 (dmpar ... )を選択
netstingを1と選択

http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=5&t=7093
に記載の通りconfigure.wrfを変更。

$ ./compile em_real

以下のメッセージが出てビルドができたようだ。

build started:   Fri Jul 15 05:36:59 PDT 2016
build completed: Fri Jul 15 05:39:03 PDT 2016

WPSのビルド

WPSV3.6.1.TAR.gzをWRFのサイトから取得し、一般ユーザの~/以下に解凍した。

http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=5&t=7093
に記載の通り以下を実行した。

$ ./configure
3(dmpar ...)を選択

http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=5&t=7093
に記載の通りconfigure.wpsを編集した。

$ ./compile

以下のエラーが出た。

int2nc.f90:10: Error: Can't open included file 'netcdf.inc'

netcdf.incが見つからないとのこと。
こちらの環境ではnetcdf.incは/usr/include/netcdf-3/netcdf.incに見つかった。このためconfigure.wpsの

WRF_INCLUDE     =       -I$(WRF_DIR)/external/io_netcdf \
                        -I$(WRF_DIR)/external/io_grib_share \
                        -I$(WRF_DIR)/external/io_grib1 \
                        -I$(WRF_DIR)/external/io_int \
                        -I$(WRF_DIR)/inc \
                        -I$(NETCDF)/include

のNETCDF関連の行を以下のように変更した。

WRF_INCLUDE     =       -I$(WRF_DIR)/external/io_netcdf \
                        -I$(WRF_DIR)/external/io_grib_share \
                        -I$(WRF_DIR)/external/io_grib1 \
                        -I$(WRF_DIR)/external/io_int \
                        -I$(WRF_DIR)/inc \
                        -I$(NETCDF)/include/netcdf-3

$ ./compile

を再度実行するとint2nc.f90のコンパイルエラーは出なくなったが、まだ以下のエラーが出る。

/usr/bin/ld: cannot find -lwrfio_int

本来はWRFのビルド時にwrfio_intがビルドされるようだが、それが失敗しているようだ。