5.6

memcachedかredisを導入し、全サーバが同一のキャッシュサーバに向いていれば、onOneServer()メソッドで一回だけ処理することが出来る。。

$schedule->command('report:generate')
                ->fridays()
                ->at('17:00')
                ->onOneServer();

5.5

5.5にはonOneServer()メソッドがないので代わりに以下を使う。
jdavidbakr/MultiServerEvent: Laravel plugin to allow scheduled events across multiple servers with the same scheduler to not overlap.

こちらはDBでロック管理をしているので、同じDBに向いている必要がある。
初期設定をしたら後はwithoutOverlappingMultiServer()メソッドで一回だけ処理することができる。

$schedule->command('report:generate')
                ->fridays()
                ->at('17:00')
                ->withoutOverlappingMultiServer();