USBやSDカードが開けない時、「ディスクユーティリティ」を使用して内容を削除（初期化）してください。的な感じになりますがそれはうまくいきません。
ターミナルからコマンドで直接フォーマットした方が早くて正確でしたので
方法を載せておきます。
ディレクトリを確認
USBやSDカードを抜いた状態と挿した状態で以下のコマンドを実行
$ diskutil list
すると
/dev/disk2または/dev/disk3が増えたり減ったりします。
それがUSBやSDカードのマウントされているディレクトリです。
フォーマット
方法はシンプルで対応しているディレクトリに対して以下のコマンド
(/dev/disk2の場合)
$ diskutil eraseDisk HFS+ Untitled /dev/disk2