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fluentdをシステムの起動時に立ち上げてバックグラウンドで常駐させるにはtd-agentというパッケージを入れるのが良いと以下のページを読んで知った

Installing Fluentd Using deb Package | Fluentd
FAQ | Fluentd - What is the difference with td-agent and Fluentd?

以下のようなコマンドを実行するとインストールして起動してくれる

curl -L http://toolbelt.treasure-data.com/sh/install-ubuntu-precise.sh | sh

設定ファイルは
/etc/td-agent/td-agent.conf
にある

また、実行されるfluentd本体やプラグインは通常のgemとは別になっており、
Ubuntu12.04の場合
/usr/lib/fluent/ruby/lib/ruby/
以下にある