GitHub の Issue の管理めんどくさいですよね。
Issueベースでプルリクを作って、プルリクをマージして、Issueを手動で閉じて。
簡単な方法でIssueを勝手に閉じてくれるやり方があったので共有します。
close: #1234
のようにイシュー番号を書いておくと、プルリクをマージしたタイミングで勝手にIssueを閉じてくれます。
#1234
のところは自分で書いても良いですし、IssueのページのURLをコピーして貼ってもOKです。
補足
close
以外の文言でもOKで、その単語一覧や詳細説明は以下のリンクを確認してください。
参考: https://help.github.com/ja/articles/closing-issues-using-keywords