ブログやマニュアルに記載されている方法だとうまくいかないのでメモ。
最初にこの方法が紹介されたブログではplatform/android/res/drawable*以下にファイルを置いて（Alloyだとapp/platform/…）、同じくplatform/android/res/valuesの下にXMLを用意することになっています。
またAppceleratorのマニュアルでもやはりカスタマイズしたテーマを用意するようになっています。
が、どちらもAPI 21以降のwindowBackgroundをつかうので、ターゲット次第ではビルド時にエラーになってしまいます。あるいは、values-v21に置いてもエラーになるので、parentが正しくないのかもしれませんね。
[ERROR] Failed to package application:
[ERROR]
[ERROR] /Path/To/Appcelerator_Studio_Workspace/YourApp/build/android/res/values-v21/custom_theme.xml:13: error: Error: No resource found that matches the given name: attr 'windowBackground'.
というわけで、workaroundとしては、app/assets/android/とapp/assets/android/images以下のdefault.pngを全てdefault.9.pngに差し替えるという、泣きたくなるほど原始的なやり方で対応すると、うまくいきます。