あらかじめディレクトリをExcludedにMarkすれば上の階層を指定したディレクトリ検索から結果が除外されます。
プロジェクトエクスプローラの除外したいディレクトリを右クリック
->[Mark Directory As]
->[Excluded]
Configuring Folders Within a Content Root
除外したディレクトリでもそのディレクトリを指定した検索は可能です。かしこい。
他のJetBrains製IDEでも同じくできそうですが確認してないので以下略
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