オブジェクト名をドットで始まるものにすればよいだけ。
関数でも変数でも両方いける。
てきとうにオブジェクトを作る
.secret <- "miserare nai yo!"
> .secret
[1] "miserare nai yo!"
ふつうにls()しても出てこないけど、UNIXでいうls -aにあたるall.names=TRUEオプションを加えると見えます。
> ls()
character(0)
> ls(all.names=TRUE)
[1] ".secret"