結論
centos/7 以外のBOXを使って回避しました。具体的には hashicorp/precise64 (Ubuntu) を使用しました。
現象
Vagrantfileに下記の記述を行っても反映されない。
config.vm.synced_folder "./", "/home/vagrant/sync", type: "rsync",
rsync__exclude: [".git/", "node_modules/"]
具体的には、exclude設定が反映されず、共有パスも反映されない（デフォルトの . -> /vagrantとなってしまう）。
原因
正確かはわからないが https://qiita.com/tenmyo/items/c2bb714117c98ae979de この記事から。
打ち手
「もしかしたらBOXがいけないのでは？」と思い、公式ドキュメントで推奨されている hashicorp/precise64を使用。
結果
何事もなかったかのようにsynced_folderオプションが反映されました。良かった...