表題の事象がずっと続いていて、原因がよくわからず毎回sshkeyを作り直したりhttp接続で我慢したりしていたのですが、解消法がわかったのでメモします。
MacOS Sierra(10.12.6)
Sourcetree(Version2.7)Embedded Git2.10.1
このページの通りなのですが、原因はSSHエージェントがキーチェーンにあるパスフレーズを再起動すると忘れてしまうのが原因のようです。なので忘れないように.bash_profileに記載します。
vimで.bash_profileを開く
vi ~/.bash_profile
以下を追記
ssh-add -A 2>/dev/null;
これで再起動してもssh接続ができるようになりました