/update ディレクトリにソースをアップロードして、管理画面からいつも通りにアップデートしようとしたらコケた。
commmunity-storeのエラーが表示されたので、commmunity-store入れてたのが悪かったのかもしれません。
コマンドでアップデートして解決
https://documentation.concrete5.org/developers/installation/upgrading-concrete5
ここに記載されているコマンドでのアップデートをしたら正常にアップデートできて難を逃れました。
update
./concrete/bin/concrete5 c5:config -g set concrete.maintenance_mode true
./concrete/bin/concrete5 c5:update
./concrete/bin/concrete5 c5:config -g set concrete.maintenance_mode false