ぐぐっても検索トップの方に絶対パスから相対パスに変換する方法が出ないので、メモ代わりに書いておきます。
import java.io.File;
File child = new File("hoge/fuga/foo/bar.txt");
File parent = new File("hoge/fuga");
String relativePath = parent.toURI().relativize(child.toURI()).toString();
System.out.println(relativePath); // prints "foo/bar.txt"
以上