JP Markdownは便利なのですが記事本文とコメントでしか使えません(たぶん)。
カスタムフィールドでもMarkdownを使いたかったので無理矢理実装しました。
require( WP_PLUGIN_DIR.'/jetpack-markdown/markdown/lib/extra.php' );
require( WP_PLUGIN_DIR.'/jetpack-markdown/markdown/lib/gfm.php' );
$md = new WPCom_GHF_Markdown_Parser();
// $str の中にはカスタムフィールドから取り出した文字列を入れてあると思ってください
echo $md->transform( $str );
もっとエレガントなやり方があったらぜひ教えてください。