cloud9を利用していてdate()を使ったところ、timezoneの設定がどうやら違うようだ。
Cloud9のタイムゾーンを日本時間(JST)に変更する
http://qiita.com/ShunjiKato/items/af561134fe159521e2c0
こちらを参考に直すと、ターミナル上でdateコマンドを実行するとタイムゾーンがきちんと修正されているが、phpinfo()のDefault timezoneはUTCのままである。
/etc/php5/apache2/php.ini
を書き換えて再起動をかけても変更が反映されていない。
怪しいところを調べてみたところ
sudo vi ./php5/mods-available/c9.ini
ここを書き換えてあげる事で、修正できた。