Mastodonでの管理者は作成するのではなく、特定のユーザーを管理者に昇格させるようになっています。
コマンドが「mastodon:make_admin」なので、てっきり管理者ユーザー的なのを作ってくれるのかと思ったらそうではありませんでした。
docker-composeを使っているのであれば以下のコマンドで指定したユーザーを管理者に昇格出来ます。
$ docker-compose run --rm web rails mastodon:make_admin USERNAME={user}