次のこと書けていませんが・・・先にこれを書いておかねば！ということで。
SonarQubeのメトリクス計測の機能がEclipseのプラグインでも提供されています。
もちろんこのプラグインを使用してメトリクス計測できるのですが、
以下の点だけ注意が必要です。
注意点
- EclipseプラグインのSonar解析の保存先DBについては、ただいまH2しかサポートしてません！ Eclipseのプラグインで品質取ったらH2に結果を放り込むしかないです。
たまにですが、Eclipseプラグインで実行させた結果をMySQLに書かせるとエラーになります。
どうしたら書けますか？と質問されることがあるので書いておきました。