Electronは、ウィンドウを作るのは「main.js」などで、画面内での制御は「renderer.js」などと制御部分が分かれています。
そのため、画面内のボタンをクリックしたときに「今開いているウィンドウの場所」などを制御したい場合にハマりました。結論からいえば「remote」というしくみを使います。
// ウィンドウなどを制御できるように remoteを取得
const remote = require('electron').remote;
// 現在フォーカスがあたっているウィンドウを取得
var win = remote.BrowserWindow.getFocusedWindow();
これで、ウィンドウを取得することができました。後は、位置などを変えたい場合は、次のように制御できます。
win.setPosition(0, 0);
他のやり方(ips?)などもあるようなので、別途調べてみたいと思います。