真核生物鞭毛（繊毛）運動の動画データセットをZenodoで公開しました
公開したデータセット 内容 単細胞緑藻クラミドモナス単鞭毛変異株の鞭毛運動を200 fpsで撮ったaviファイル 暗視野顕微鏡を使用 約1分間の動画が生細胞46個体、除膜モデル（ゾンビ）56個体...
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seabornでboxplotのboxなし（線だけ）とswarmplotを重ねる
設定を忘れるので、メモ。 このようなグラフが描けます。boxplotのboxなし・whiskerなしとswarmplotを重ねます。 ダミーデータの生成 自分のデータを持っている人はスキップして...
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科研費小区分のキーワードをBERTでベクトル化して申請する小区分をレコメンドする
はじめに この記事の続きです。 前回は科研費小区分のキーワードをBERTでベクトル化し、次元削減して可視化しました。 今回は、任意のキーワードを入力し、そのキーワードに応じて申請する小区分をレコ...
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Pythonの移動データ解析パッケージまとめ
Pythonの移動データ解析用のパッケージを調べてみました。他にもあったら教えてください。 ヒト・大きい対象（動物、乗り物など）向け MovingPandas チュートリアルの座標が緯度経度デー...
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matplotlibでtemporal color code
やりたいこと matplotlibで微生物の軌跡を可視化する時に、プロットの色で時刻を示したい。 例えば、赤が0秒、黄色が1秒、緑が2秒、青が3秒、紫が4秒、……みたいに。 問題点 for文を使...
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科研費小区分のキーワードをBERTでベクトル化して可視化
はじめに 今年もそろそろ科研費の季節がやってまいりました。 申請にあたって小区分のキーワード表があるので、各キーワードの位置関係を知るために、BERTでベクトル化して次元削減し、2次元で可視化し...
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IDSカメラをPythonで制御するためのパラメータ
諸事情でIDS ueyeカメラ（UI3250）をPythonから制御したい。 ライブ画像を表示するスクリプトは公式からダウンロードできる（ログイン必要）。 露光時間・フレームレートを調整しようと...
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Seaborn箱ひげ図の横軸を10のN乗表示にする
箱ひげ図の横軸が数値で、1000000, 2000000, ... などとなっている場合に、1, 2, ... × 10^6 と表示したい。どうやらScalarFormatterではできないっぽ...
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BiopythonでPubMedから論文情報を抽出して語の出現頻度を可視化・キーワード抽出
モチベーション 研究者のみなさま、今年も科研費執筆お疲れ様です。科研費申請書の「関連する国内外の研究動向と本研究の位置づけ」欄を書く（助けにする）ために、PubMedの論文情報を自然言語処理で簡...
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Pythonで日本語文の中の生物の学名を抜き出す
（追記）コメント欄で以下よりシンプルな書き方を教えていただきました。 モチベーション 生物の学名は斜体で書くという決まりがあります。Wordに文章を打ち込んでいる時に、いちいち学名を手作業で斜体...
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OpenCVとPillowで画像データに取得日時を書き込み
画像データ（フォルダ内の一連のjpegファイル）をモノクロ化して取得日時を書き込み、別のフォルダに出力します。 ファイルのプロパティを見ると、「変更日時」が取得日時に相当していたので、こちらのコ...
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GPT-2に科研費報告書のデータを学習させて架空研究報告書を生成する
はじめに 研究者にとって、研究費の申請書や報告書を書くのがしんどいのはよくあることです。 しんどさの軽減を試みるべく、GPT-2に報告書っぽいテキストを生成させてみました。 やっていることはこち...
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biorxiv-cliでbioRxivから最新プレプリントのデータを取得
（12/2追記：投稿時、タイトルを「最新論文」としていたが、プレプリントと論文の区別はつけるべきだと思いタイトル変更） PythonのarxivパッケージのようなものがbioRxivにもあるのか...
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Researchmap APIをPythonでパースして業績リストのWordファイルを自動作成する
研究者のみなさま、今日も書類作成お疲れ様です。 researchmapに入力した業績をコピペするのが地味にめんどくさかったので、APIをパースしてみました。 PythonからWordファイルを作...
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Pythonから昔の学振DC申請書のWordファイル（.doc）を読んで操作してみる
モチベーション とある大学事務の人から、科研費申請書をチェックするのが大変だという話を聞きました。現在は手で1部ずつ赤入れをしているそうです。 公募要領に沿って記入しているか 図や参考文献は適切...
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【自然言語処理】科研費データベースからMeCab-ipadic-neologdとtermextractでキーワードを抽出する
科研費申請書を書いている研究者のみなさま、お疲れ様です。 ご存知の通り、過去に採択された研究は科研費データベースに載っています。が、全部見るのはなかなか大変です。 過去の傾向をざっくり把握してみ...
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