毎回忘れる...のでメモ。
この動画が全て。
https://youtu.be/ThGz222swMI
メニューから、
「VCS」メニュー > 「Git」 > 「Resolve Confricts...」真ん中が最終結果、左と右から欲しいものを選ぶ。
できたら「Apply」を押す。
確認のウィンドウが出てきたら「Yes(OKかも)」。これでコンフリクトをまとめてくれて、indexにステージングもされる。
あとはコミットすればOk。
その他参考:
https://www.jetbrains.com/help/phpstorm/2016.3/resolving-conflicts.html#d1193583e100