/etc/apt/sources.list の変更
環境: Ubuntu12.04LTS
archive.ubuntu.comのサーバーからapt-getでデータを取得する設定をjaistから取得するように変更
$ cd /etc/apt/
$ sudo sed -i".back" 's/http:\/\/archive.ubuntu.com\/ubuntu/http:\/\/ftp.jaist.ac.jp\/pub\/Linux\/ubuntu/' sources.list
$ sudo apt-get update
(正確に測れませんでしたが、体感では3〜4倍ダウンロード速度が早くなりました。)