php5.5から導入された revalidate_freq が0になっているか
php5.5で導入された OPcache revalidate_freq の設定を確認しましょう。
[公式ドキュメント]
更新のためにスクリプトのタイムスタンプをチェックする頻度。（秒単位） 0 にすると、OPcache は、リクエストごとに更新をチェックします。
http://php.net/manual/ja/opcache.configuration.php
つまり更新をかける頻度をphp側が設定しています。
php.ini の設定ファイルを書き換える
php.ini がどこにあるか確認しましょう
オススメの検索方法（本番サーバでやると負荷かかるのでやめましょう）
全ディレクトリから revalidate_freq の文字列を含むファイル一覧を表示してくれます。
grep revalidate_freq -rl /
私はここにありました
/usr/local/etc/php/conf.d/overrides.ini
/usr/local/etc/php/conf.d/overrides.ini
upload_max_filesize = 100M
post_max_size = 108M
short_open_tag = On
fastcgi.logging = 1
opcache.enable=1
opcache.revalidate_freq=0
opcache.validate_timestamps=1
opcache.memory_consumption=128
opcache.interned_strings_buffer=8
opcache.max_accelerated_files=4000
opcache.revalidate_freq=0 #60秒から0に変更
opcache.fast_shutdown=1
xdebug.remote_enable=1