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GBIFのデータをQGISで見てみたい

はじめに

この記事は 株式会社ピーアールオー(あったらいいな!を作ります) Advent Calendar 2019 の10日目の記事です。
今日のあったらいいな!は完全に筆者の趣味的自己満足の世界からお送りいたします。

GBIFとは?

Qiitaのユーザーの中にどれだけGBIFという単語をご存知の方、あるいは興味がある方がいるかは知りませんが(タグもなかったし)、今回は完全に自分の趣味方向に突っ切ります。

GBIFとは、簡単に言っちゃうと地球規模の生物データベースで、地球上のあらゆる生物の観察記録などをオープンデータとして閲覧・登録可能なサービスです。
一般の観察者による記録から、第一線の研究者の取得したデータなどさまざまな量・質の生き物に関するデータが取得できます。

今回は、GBIFというものの紹介がてら、どのようなデータが参照できるのか?を見ていきたいと思っています。なのでコードは一切なしの予定。

手っ取り早く見てみる

手っ取り早くどんなデータがあるのか?は、JBIF(GBIFの日本ノード)のページからデータ検索するのがわかりやすいです。
2019-12-23_21h44_13.png

試しに、入力例にあるツバメを検索してみましょう。
2019-12-23_21h54_00.png

検索結果が出ました。すごい件数ですね。
2019-12-23_21h53_09.png

上のタブでmapを選ぶと、記録地点を見ることができます。ツバメってこんな広域分布だったのか・・・。
2019-12-23_21h54_50.png

日本周辺の情報はこれですね。うーんちょっと寂しいかも
2019-12-23_21h55_24.png

JBIFからの検索は、和名で検索するときにはいいのですが、学名だと検索クエリがおかしくなるという問題があるようです。
また、GBIFのmap表示も、手っ取り早く使うにはいいんですが、使い勝手はおよそ使いやすいとは言えません。

もう少し気軽にデータを見たいので、まずはこのあたりの改善をしてみようかと思います。

地図と言えばQGIS

すっかりOSSのGISプラットフォームとして一定の地位を得たQGISを使ってみましょう。なんと素敵なことに、すでにGBIFプラグインというものが存在するようです。(本当はこのプラグインを作ることを本記事の目標としていて、だけど調べたらもう存在していたのは秘密)

QGISのインストール

公式からどうぞ。GBIFプラグインは3.0.0以上を必要とするようです。

QGIS起動&GBIFプラグイン追加

下準備

QGISを起動します。既存のプロジェクトがない前提で説明していきます。
起動直後は下のようにまっさらな画面です。
2019-12-23_22h13_05.png

このまま分布をみてもいまいちピンとこないので、まずはベースの地図を追加しましょう。お約束のOSMがよろしいかと思います。
ブラウザのXYZタイルから、OpenStreetMapを右クリックしてレイヤを追加。これだけです。
2019-12-23_22h15_25.png

すごく・・・簡単です。
2019-12-23_22h16_28.png

GBIFプラグイン追加

さあ、それではGBIFプラグインを入れてみましょう。プラグインメニューからプラグインの管理とインストールを選びます。
2019-12-23_22h17_31.png

プラグインの検索窓に「GBIF」と入力してインストールしましょう。
2019-12-23_22h17_51.png

使ってみる

プラグインが有効化されると、ベクタメニューにGBIF Occurencesが追加されます。
2019-12-23_22h20_31.png

Load GBIF Occurencesを選択すると、検索項目が表示されます。
2019-12-23_22h33_37.png

先ほどと同様にツバメを検索してみましょう。たくさんある観測データの場合は、Countryとかで国を絞らないとエラーになっちゃうようです。
2019-12-23_22h34_49.png

結構読み込みに時間かかります。
2019-12-23_22h38_47.png

map上に観測地点が追加されました。
2019-12-23_22h40_03.png

もちろん、読み込んだ観測地点は観察データをもっていますので、詳しい内容を見ることができます。
2019-12-23_22h41_12.png

いろんな種の分布を見てみる

さあ、ここからが今回一番やりたかったことになります。いろいろとヤバい奴らを見ていきましょう。

Latrodectus hasselti(セアカゴケグモ)

2019-12-23_22h43_55.png
いますね!

Linepithema humile(アルゼンチンアリ)

2019-12-23_22h48_59.png
おもったより地点少ないです。
ちなみにヒアリでは検索結果ゼロでした。
当然ですが、研究者による確認であっても、かならずしもGBIFにデータを入れるわけではないので、ここら辺は致し方ないところです。

Pomacea canaliculata(スクミリンゴガイ)

2019-12-24_09h14_33.png
俗にいうジャンボタニシってやつですね。ピンク色の違和感ある(しかも有毒)卵が印象的です。西の方に観察記録がおおいようです。
ちなみに、情報の中にあるinaturarist.orgというのは、iNaturaristという生物観察向けのアプリです。

Melopsittacus undulatus(セキセイインコ)

2019-12-24_12h56_34.png
東京とかで増えちゃって・・・って少し前にニュースになってたりしましたね。私も十年前くらいに群れでいるのを見たことがありました。

Psittacula krameri(ワカケホンセイインコ)

2019-12-24_12h58_40.png
こいつも飼い鳥が逃げてそのまま野生化したパターン。やはり都市部に多い印象です。

Pueraria montana(クズ)

こんどは、日本から海外に出て行ってしまった悪名高いやつの一つを見てみましょう。世界の侵略的外来種100入りした最悪の害草です。噂には聞いてましたが、結構広がってるんですね。。。
2019-12-23_22h51_55.png

Undaria pinnatifida(ワカメ)

同様に世界の侵略的外来種100にノミネートのワカメです。西側に分布がひろがっているようです。
2019-12-23_22h53_00.png

ヤバくはない人たち

Torquigener albomaculosus(アマミホシゾラフグ)

ヤバい奴ら以外も見ていきましょう。最近発見されてやたらロマンチックな和名がついたこのフグもばっちり観察記録ありました。
2019-12-24_09h21_24.png

Elaphe conspicillata(ジムグリ)

個人的に世界で最も美しいと思う蛇。たぶん見たことのある人は稀。興味のある人はぜひ調べてみてください。
2019-12-24_13h00_50.png
この分布見てて面白いことに気づきました。
筆者の生活する横浜近辺にもプロットがある(ジムグリ自体は横浜にもいるのでそれ自体はおかしくない)ので、興味本位に拡大してみると、、、
2019-12-24_13h02_49.png
いくら何でもこんな都市域にはいないはず・・・誤記録か?と思って情報を見ると、
2019-12-24_13h05_30.png
eventDateがなんと1906年です!100年以上前の記録が入ってる~~~~!!
さらに調べてみると、Stejnegerと言う人が1907年に日本と周辺の両性爬虫類の博物学的記録に関してまとめた文献が見つかりました。この中のElaphe conspicillataの項に、横浜で採取された標本に基づき~という記載を発見。このプロットの元と考えて良さそうです。
いや~空間だけじゃなく時間も超えた生物・博物学の叡智を垣間見た気がしました!(おおげさ)

QGIS+GBIFやばい。無限に筆者の時間が消費されていきそうです。

注意点

生き物の分布情報は、時にセンシティブな扱いを求められることがあります。
元がオープンデータで公開されているものといえど、それをむやみに二次利用などしてそうしたデータを不要に扱ってしまうと思わぬ被害を生む可能性がある点はご注意ください。

さまざまな情報原

GBIFとは
JBIF(GBIFの日本ノード)

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