supervisorで、別で定義した設定ファイルから設定をincludeさせる場合があるかと思います。
/etc/supervisord.conf
[include]
files = /etc/supervisor/conf.d/*.conf
というような記述を追加して
supervisordを再起動しても設定が反映されないときは
supervisorのバージョンが2系であることが原因である可能性が高いです。
2系だと supervisorctl version
というコマンドがありません。
なければ2系と考えてよいです。
2系の場合[include]
セクションで別ファイルを読み込むということができないので、
/etc/supervisord.confに記載するか3系にアップグレードさせる必要があります。
世のsupervisorの記事がバージョンが3前提になっているものも多く、
もしsupervisor周りで思った動作をしないようであれば、「2系だから」というのを疑ってみたほうがいいかもしれません。