コマンドラインで変更できます.
この例では保存先を ~/Hoge に変更しています.
$defaults write com.apple.screencapture location ~/Hoge
$killall SystemUIServer
ちなみにデフォルトに戻す方法はこちら
$defaults delete com.apple.screencapture location
$killall SystemUIServer
デフォルトがデスクトップだと散らばったりするので
オススメ♪