JGitの3.0では.gitattributeは対応していない。
つまり、clean/smudgeフィルターも対応していない。
仕込むことができるかをソースを読んでいた結果、
org.eclipse.jgit.treewalk.WorkingTreeIterator
の
private InputStream filterClean(InputStream in)
このへんにcleanフィルター相当を仕込むことが出来そう。
org.eclipse.jgit.dircache.DirCacheCheckout
の
checkoutEntry(Repository repo, File f, DirCacheEntry entry, ObjectReader or)
ここにsmudgeフィルター相当を仕込むことが出来そう。