結論

リストのリストを作成するときは
[[]] * n
ではなく
[[] for _ in range(n)]
を使おう。

詳細

list_of_list = [[]] * 3
print(list_of_list)

とすると

 [[], [], []]

が表示されます。
リストのリストの初期化方法としてお手軽で良さそうですが、ダメです。
例えば

list_of_list[1].append(100)
print(list_of_list)

とすると想定は

 [[], [100], []]

ですが、実際は

 [[100], [100], [100]]

となってしまいます。
[[]] * n でリストを作ると内部のリストは中身を共有するみたいです。
Python詳しい人にとっては当たり前かもしれませんが、
遭遇した時は驚きました。

改善するには

list_of_list = [[] for _ in range(n)]

とします。
これで想定通りの動きをしてくれます。

以上です。