AppExtentionKeyboardを実装していると、キーボード切替時にキーボードが消えてしまうことがあります。
これはinputViewControllerのviewDidload:でキーボードのビューをaddSubViewしていることが原因です。
キーボードはボタンも多く、viewDidload:で大量のボタンインスタンスを生成すると全て生成するまでキーボードが出てきません。

そのためviewDidload:では比較的軽量なダミーのUIViewを生成しaddSubView:し、キーボードのビューはviewDidApper:でaddSubViewするのが良いかと思います。

追記：
と思ったけどキーボードが表示されない時間が短くなっただけでキーボードが消えていました。(´・ω・｀)