macOX Sierraに更新しましたか？してないでしょう、そうでしょう。
なんで更新してないかあなたの心を透かしてあげます。
開発環境が壊れる恐れがあるから。
当たりましたか？
Homebrewがおかしくなった！
僕の場合、Homebrewが以下のような感じでおかしくなりました。ふぁっく。
$ brew doctor
Please note that these warnings are just used to help the Homebrew maintainers
with debugging if you file an issue. If everything you use Homebrew for is
working fine: please don't worry and just ignore them. Thanks!
Warning: Xcode is installed to a directory with a space in the name.
This will cause some formulae to fail to build.
Warning: Your Xcode (6.3.2) is outdated
Please update to Xcode 8.0.
Xcode can be updated from the App Store.
要約すると、「お前のXcodeは古いから、新しいのをApp Storeからいれろ！」ってことですね。
でも当然、Xcodeは最新版になっている。
さて困った。App Storeから入れ直しても症状は変わりません（入れ直して確認済み）。
解消法
このコマンドで明示的に示してあげましょう。
$ sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app
するとあら不思議、正常になります。
$ brew doctor
Your system is ready to brew.
それでは良きSierraライフを。