pygit2 の基本的なセットアップ手順は
http://www.pygit2.org/install.html#building-on-nix-including-os-x
を見てください。
LD_LIBRARY_PATH でも RPATH でもなくて static リンクでビルドしたいので、その手順をメモっておきます。
なお、libgit2 と pygit2 のバージョンは揃えないとビルド通らないので、 git 最新版と最新リリース版のどちらかを選んでください。以下の手順では git を使います。
libgit2のビルド
BUILD_SHARED_LIBS を off にしてビルドします。ついでにスレッドセーフ（デフォルトOFF）もONにします。
$HOME/local は好きな場所に変えてください。
$ git clone --depth 1 git://github.com/libgit2/libgit2.git
$ mkdir libgit2/build
$ cd libgit2/build
$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local -DTHREADSAFE=1 -DBUILD_SHARED_LIBS=0
$ cmake --build . --target install
pygit2 のインストール
LIBGIT2 を使って libgit2 をインストールした場所を指定します。
LDFLAGS=-lcurl をしないと import pygit2 したときにシンボルが見つからないというエラーになってしまいました。
LIBGIT2=$HOME/local LDFLAGS="-lcurl" pip install -U -e git+https://github.com/libgit2/pygit2.git#egg=pygit2