一部環境において、以下のようなエラーが出る場合がある。
Permission denied - /Users/<username>/.vagrant.d/data/machine-index/index (Errno::EACCES)
このようなエラーは、~/.vagrant.d/ 以下のファイルのうちいずれかが、ログインユーザー以外のもの(root)になっていることが理由である。
また、すでに作ったはずのVagrant Boxが見つからず、vagrant upしようとしたタイミングで新たにImageをVagrantbox.esからダウンロードし始める場合もある。
これも~/.vagrant.d/boxes/というディレクトリがログインユーザー以外のものになっていることが原因なので、chownでパーミッションをログインユーザーにすれば直る。
なお、こうなってしまう原因は不明。どこかでライブラリか何かの兼ね合いでsudoしたままセットアップしてしまったかな？