　vagrant up 時に、ホストの Vagrantfile が存在する領域が自動的にVMの /vagrant にマウントされますが、そのディレクトリ群の owner が標準のvagrantのままだったので、変更する方法を調べました。

Vagrantfile の Vagrant.configureブロックの中に、

config.vm.synced_folder '.', '/vagrant', owner: '<ownerとしたいVM内のユーザ名>'

と記述して、vagrant up しなおす、あるいは vagrant reload をすると、指定したユーザがownerとなってマウントされます。

　また、グループも変更したければ、

config.vm.synced_folder '.', '/vagrant', owner: '<ownerとしたいVM内のユーザ名>', group: '<ownerとしたいVM内のグループ名>'

として、同様の手順を踏めば、変更できます。