CocoaPods を 0.39.0 から 1.0.1 にあげて、次のエラーが出ました。
umbrella header 'Realm.h' not found
ドキュメントに書いてあるとおりに Realm を再インストールしたらうまくいきました
https://realm.io/jp/docs/swift/latest/#cocoapods
pod cache clean Realm
pod cache clean RealmSwift
pod deintegrate || rm -rf Pods
pod install --verbose
rm -rf ~/Library/Developer/Xcode/DerivedData
なお、以前は Realm は CocoaPods 1.0 以降をサポートしておらず 0.39.0 を使いましょうという古い記事も見かけますが、いまは既にサポートしています。
https://github.com/realm/realm-cocoa/issues/3052