{rstan}を使いこなしていたら格好良いですよね。
chainの計算を並列化できたら早くなるな〜と思って調べていたら、メッチャ簡単にできるようじゃないですか！
rstan_options(auto_write=TRUE)
options(mc.cores=parallel::detectCores())
と2行書くだけ!!
http://heartruptcy.blog.fc2.com/
ところが、自分のRでやってみたら全く並列化しない。
原因は{rstan}のバージョンが2.2な事にあると辺りをつけ更新する事に。
まず、現版を消す。
library(rstan)
set_cppo('fast')
detach("package:rstan", unload = TRUE)
remove.packages('rstan')
次。
GuitHubから{rstan}をゲットしよう。
パッケージをGuitHubからRにブッコムには{devtools}が必要。
install.packages(“devtools”)
次。
最新版rstanは、{StanHeders}, {ggplot2}, {gridExtra}を求めている。
この3つは、CRANにあるけれど、普通にinstall.packages()だと、バイナリ版が優先して入る。ところが、バイナリ版だとバージョンが古くて怒られる。
なので、ソースからコンパイルする。
install.packages(“StanHeaders”, type=“source”)
install.packages(“ggplot2”, type=“source”)
install.packages(“gridExtra”, type=“source”)
準備完了。
GutHubから{rstan}をブッコム。
devtools::install_github(“stan-dev/stan”, subdir=“rstan/rstan”, ref=“develop”)
色々エラーが出て不安になるけれど、待っていたら
DONE(rstan)
と出ればOK。
codeの書き方は変わらず。
並列化の指定は
rstan_options(auto_write=TRUE)
options(mc.cores=parallel::detectCores())
とする。
並列化した場合、走り出すとエスケープできないので、codeがちゃんと動く事を確認してから並列化にした方がいい。
で、適当なコードを組んで
おお。