さくらのレンタルサーバー（スタンダード）に、EC-サイトを設置したかったのですが、なかなか手こずったりしたので、大まかな流れになりますが、記述しておきます。
メモ書き程度なので、個々の作業は、公式のやり方をググるなりして、参照するようにしてください。
環境：さくらのレンタルサーバー（スタンダード）、さくらで取得した独自ドメイン
前提条件
さくらのコントロールパネルにログイン状態で作業します
作業１
さくらレンサバで独自ドメイン登録（これは公式をググろう）
作業２
コンパネメニューの独自ドメイン/SSL設定からhttps化。
※letsEncryptは無料のSSLで更新も自動でやってくれるのでグッドです。
作業２ー５
データベースを作っておく。
専用のデーターベースを作っておきましょう！他のWP等と一緒のデータベースにするといろいろまずいです。
作業３
クイックインストールから、EC-CUBEを、独自ドメインにクイックインストール
作業４
引き続きそのまま
アプリケーションの設定へ進む <<
で設定する
（ページを離れた場合はクイックインストールのインストール済み欄に行き）EC-CUBEのインストール設定をする。
詳細設定の際、httpsのみ使うという設定が最初にあったと思うので、わすれずにチェック。
作業５
作業というか注意。
作業４の設定がややこしいので、公式をググりながらやりましょう！ホスト名（＝サーバー名）だったり、適当に入れると、やり直しに鳴ると思いますので、しっかりやりましょう。
設定方法が公式であったと思います。
おまけ：作業６
インストールが無事終わったら、/html/install.phpを削除しましょうとあるので、FTPソフトなどで削除しておきましょう。
課題
ec-cubeのページが
https://独自ドメイン/設定したディレクトリ/html/
になっていますが、
https://独自ドメインだけにしたい
です。
この記事はのちに更新します。