Firebase Analyticsのドキュメントにはユーザープロパティについての説明はあるもののsetUserIdについての説明がありません。
ですが、Firebase AnalyticsのAPIのドキュメントにはsetUserIdというのがあり、これをセットすることで、BigQueryで分析する時のユニークIDとして使える模様です。
import Firebase
Analytics.setUserID(id)
Googleのブログに書いてありました↓
Firebase’s custom user id value can be set using the setUserId API and is stored in the user_dim.user_id field in BigQuery.
How to do cross-platform analytics with Google BigQuery