今までアプリ内で販売していたApp内課金のアイテムが、購入しようとすると「このアイテムは利用できなくなりました」と表示されるようになった。

この条件の場合、該当アイテムをAppStoreConnect上で非公開→公開の手順でやると、エラーが解決する場合があるようです。
（少なくとも弊社ではこれで解決しました。）

2018/9/29に起こった出来事だが、非公開処理及び公開処理はそれぞれおよそ30分程度でAppleの課金APIにも反映されていました。
つまり、概ね1時間あれば試せます。

既にAppleのレビューが終わっているアイテムであれば、特に申請も必要ないため、同じようなトラブルに直面した人は参考にしてみてください。