UINavigationControllerにコードからカスタムNavigationBarとViewControllerを設定する

１．イニシャライザでカスタムNavigationBarを指定する

let navigationController = UINavigationController(navigationBarClass: CustomNavigationBarClass.self, toolbarClass: nil)

２．RootViewControllerをセットする

UINavigationControllerにviewControllerのスタックが積まれていない時、setViewControllersメソッドに指定した１件目のViewControllerがRootViewControllerとして扱われます。

navigationController.setViewControllers([UIViewController()], animated: false)

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イニシャライザがinit(rootViewController:UIViewController)とinit(navigationBarClass:AnyClass?, toolbarClass:AnyClass?)しか存在していないので両立は無理なのかと思っていましたが、そういうわけでもなく、setViewControllersを利用することで両立可能なのでした。