$ brew doctor
Warning: Your XQuartz (2.7.8) is outdated.
Please install XQuartz 2.7.9 (or delete the current version).
最新の XQuartz-2.7.11.dmg をダウンロードしてきてインストールしても警告は変わらない。Applications/XQuartz を起動してみると確かに 2.7.11 である。
Spotlight で xquartz を検索してみると、どうやらバックハードディスクに古いXQuartz-2.7.8 が存在する。 brew doctor は実際に使われている XQuartz のバージョンをチェックしているわけではなく、ひとつでも古い XQuartz がどこかに存在すると警告を出すらしい。古い XQuartz を削除したら（私は古いバージョンの入っている外部ディスクをはずしたら）警告がでなくなった。
brew doctor
Your system is ready to brew.
brew --version
Homebrew 1.1.7
Homebrew/homebrew-core (git revision 10ab; last commit 2017-01-22)