LinuxのディストリはScientific Linux 6.0です。
$ cat /etc/redhat-release
Scientific Linux release 6.0 (Carbon)
itamaeでremote_fileを実行した際に、下記のようなエラーが発生しました。
$ itamae ssh -h servername -u root recipes/vim_setting.rb --log-level debug
INFO : Recipe: /Users/yuto/Work/vagrant/dahack/recipes/vim_setting.rb
DEBUG : remote_file[/root/.vimrc]
DEBUG : remote_file[/root/.vimrc] action: create
DEBUG : (in pre_action)
DEBUG : Sending a file from '/Users/yuto/Work/vagrant/dahack/recipes/remote_files/vimrc' to '/tmp/itamae_tmp/1440518054.496387'...
/Users/yuto/.rbenv/versions/2.1.2/lib/ruby/gems/2.1.0/gems/net-scp-1.2.1/lib/net/scp.rb:365:in `block (3 levels) in start_command': SCP did not finish successfully (127): (Net::SCP::Error)
Stackoverflowによると、該当するファイルが存在しない場合にこのエラーが出るとのことでしたが、ファイル名やパスは間違っておらず、実行ユーザーのアクセス権も問題ありません。
該当するgemのコード（scp.rbの365）行目あたりを読んでみると、下記のようなコードが発行されていました。
scp -t /tmp/1440518054.496387
サーバーにログインして上記コードを実行してみると、そもそもscpコマンドがインストールされていないことがわかりました。
CentOS 6.x/Scientific Linux 6.xサーバーへscpコマンドを使う場合
上記ブログによると、最小構成でインストールしたScientific Linuxにはscpコマンドがインストールされない、とのこと。
scpはopenssl-clientパッケージに含まれているそうなので、remote_fileを実行するレシピの前にpackageでopenssh-clientsをインストールするように修正して解決しました。