git archiveを使う
ユーザーのpeperonという場所に、「html.zip」という形式でファイルを出力する例。
$ git archive --format=zip HEAD `git diff master --name-only --diff-filter=AM` -o C:\User\peperon\html.zip
masterと現在のブランチを比較し、削除されたファイルを除き、変更があったファイルをアウトプット(-o)しています。(コマンドライン慣れてない人、半角スペース注意。)
以上、エンジニアさんに聞いた方法です。
納品ファイル漏れで始末書にならずに済むので、きっと便利。