参考記事だと、ちょっとオプションまわりが変わっていたので、いくつか変更したら、ちゃんとアプリ化できたので
$ nodebrew install-binary v4.4.4
$ nodebrew use v4.4.4
$ npm install nativefier -g
$ nativefier --version
6.13.0
$ wget http://c16e.com/1511170923/trello.icns
$ nativefier --name Trello --platform osx --arch x64 --icon=./trello.icns https://trello.com/