Capistrano3でディレクトリをデプロイする

オプションが普通に用意されてた。

deploy.rb

set :repo_tree, "/path/to/directory"

これで特定ディレクトリをデプロイできる。
current下に展開されるのは特定ディレクトリの中身。

複数のディレクトリをデプロイしたい場合は、
ソース と 改造例 をみて頑張れば多分いけそう。