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sudoのない生活

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ハードウェアをメンテナンスして頂いているだけでも有り難いのに、スパコンの管理者に自分だけが必要とするソフトウェアのインストールやアップデートを要求するなんてそんな傲慢な子に母さんはあなたを育てた覚えはありません。自分でやれ。

今日はみんな大好きMACS2をインストールします。インストール先は $HOME/local にしていますけど、好みで変えてもいいです。変えてもいいですけど、PATHが通ってないだけなのに「インストールできてない!」と騒ぐのが許されるのは小学生までです。

MACS2推奨に従ってpythonは2.7.2を入れます。

# python local install
cd
mkdir -p $HOME/local/src
wget 'https://www.python.org/ftp/python/2.7.2/Python-2.7.2.tgz'
tar zxfv Python-2.7.2.tgz
cd Python-2.7.2
./configure --prefix=$HOME/local
make
make install
# include $HOME/local/bin to path 
echo 'PATH=$HOME/local/bin:$PATH' >> $HOME/.bashrc
which python # check if it is "/home/<user>/local/bin/python"

pip入れます。

# pip local install
cd $HOME/local/src
wget 'https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py'
python get-pip.py --user
# pip forces to install bin to ~/.local/bin 
echo 'PATH=$HOME/.local/bin:$PATH' >> $HOME/.bashrc
exec $SHELL
which pip # check if it is "/home/<user>/.local/bin/pip"

MACS2はnumpyが必要なのでこれもローカルに入れます。

# numpy local install
cd $HOME/local/src
wget -O numpy.tar.gz 'http://sourceforge.net/projects/numpy/files/latest/download?source=files'
tar zxfv numpy.tar.gz
cd numpy-1.9.2
python setup.py install --prefix $HOME/local

MACS2を入れます。

# macs2 local install
pip install MACS2
echo "🍺"

なおその他たくさんNGS関連のパッケージやツールをローカルにインスコする必要がある紳士淑女の皆様におかれましては、兵長こと笠原さんが公開してくださっている Local Package Manager を使うと随分ラクですのでこっちの方が断然おすすめです。