(2016-01-17 追記) 本文書の対象は Shift_JIS 文字コードを使用する LaTeX ソースファイルです．
- UTF-8 用の環境構築を行った方がメリットが多い場合もあります．その方法については後日まとめてみようと思います．
(2016-01-11 追記) El Capitan にアップデートし，動作することを確認しました．
皆様，LaTeX で論文書いてますか．僕は論文はいつも未完成ですが LaTeX は使えてます．
Mac の場合，小川弘和先生の Drag & Drop UpTeX は，LaTeX を扱いたいけど時間のない人にとって非常に重宝する TeX の統合パッケージです．2015年9月から，同パッケージの El Capitan 対応版が新たに配布されています．
インストール方法は付属の ReadMe.pdf に詳しく述べられています．また，LaTeX の組版環境エディタとして TeXShop を用いる場合のその設定については，下記のサイトに詳しいです:
上記のサイトに従えば，TeXShop で Shift_JIS 文字コードの LaTeX の文書を編集してタイプセットするための設定ができます．最低限の LaTeX 文書であれば，これだけで TeXShop を用いてタイプセットができるようになります．
問題
しかし，これらのサイト/説明書に記載された手順だけでは，私の環境 (MacBook Air Mid 2012, 当時は Yosemite) の下では既存の TeX ファイルを正しく組版することができませんでした．
- (自分の)論文の TeX で頻繁に使用される
epsfやmultirowなどのパッケージが未インストールのため，File *** not found.エラーが出る - 生成される PDF のレイアウトが A4 のものでない
の2点の問題が起きたためです．
以下，解決までに行ったことを記しておきます．
1. 必要なパッケージを tlmgr でインストール
揃っていないパッケージを追加インストールします．
上記ページ と ReadMe.pdf によると，texbin パス，すなわち
/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin
に，TeX (LaTeX) 関係のすべての必要なコマンドラインプログラムが入っています．はじめに，ターミナルを開き，下記のようにしてそのディレクトリに移動します:
$ cd /Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin
さらに，必要なパッケージを追加インストールするために，下記を実行します:
$ ./tlmgr install epsf boxedminipage multirow enumitem
これで epsf boxedminipage multirow および enumitem がインストールされます．なお，他にも必要なパッケージがある場合は，CTAN に存在するものであれば同様にインストールが可能です．
2. デフォルト用紙サイズを A4 に設定
生成された PDF を プレビュー.app で開き，Command-I で「インスペクタを表示」すると，ページサイズが A4 (210 x 297 mm) のものと異なる，216 x 279 mm になっていました．ググってみると，欧米のレター紙サイズのものでした．
上の節で述べた, texbin ディレクトリに存在する TeX 環境の設定プログラムを動かし，デフォルトの用紙サイズを正しい A4 に変更してあげる必要があるようです．
対処するために，まず，texbin パスに移動します．
$ cd /Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin
その後，以下のようにすると，デフォルトの用紙サイズが表示されます:
$ ./tlmgr paper
Current dvipdfmx paper size (from /Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texlive/2015basic/texmf-config/dvipdfmx/dvipdfmx.cfg): letter
Current dvips paper size (from /Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texlive/2015basic/texmf-config/dvips/config/config.ps): letter
Current pdftex paper size (from /Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texlive/2015basic/texmf-config/tex/generic/config/pdftexconfig.tex): letter
Current xdvi paper size (from ./XDvi): (undefined)
やはり，レター に設定されていたようです．
以下のようにして，全プログラムにおけるデフォルト用紙サイズを A4 に設定します:
$ ./tlmgr paper a4
$ ./tlmgr paper # 設定が適用された確認
なお，tlmgr を用いて上記のように用紙サイズを設定する方法などは，下記のヘルプ表示コマンドで確認が可能です:
$ ./tlmgr --help
プリアンブルで指定すれば問題ない
(2016-01-14 追記) デフォルトの用紙サイズにかかわらず，プリアンブルで A4 に指定していれば基本的に問題ないもようです．
\documentclass[12pt,a4paper]{jarticle}
...
\begin{document}
上記の\documentclassのブラケット部分のa4paperですね．
参考リンク
解説
- BasicTeX - TeX Wiki 奥村先生のページ．
ゼロから構築
- Mac - OS X El CapitanでTeX環境をゼロから構築する方法 - Qiita
- LaTeX - TexStudioをEl Capitanで使うまでにしたこと - Qiita
- MacOSX - OS X (El-Capitan) に最小限の LaTeX 環境を構築 - Qiita
以上．