サーバのディスクがあふれてしまい、調査したところMySQLデータが肥大化していました。その対処方のメモ書きを残しておきます。
MySQL本家が配布しているrpmでいれたのですが、それについてきた設定ファイルをほぼそのまま使っていました。それだと、レプリケーションのログを出力するようになっており、ほっておくとmysql-bin.00001というファイルがたくさんできてました。レプリケーションは必要ないので無効にします。
その前にいままで蓄積されているレプリケーションのログを消します。
$ mysql -u root -p
> PURGE MASTER LOGS before now();
MySQLの設定ファイル /etc/my.cnf を編集します。下記をコメントアウトします。
log-bin=mysql-bin
binlog_format=mixed
MySQLを再起動します。
$ sudo /etc/init.d/mysql restart
以上です。