整理して書き直したのがこちら
http://qiita.com/hnishi/items/5e5e1fd4902fbe809e73

公式ホームページから educational use only のバージョンのみインストーラで配布されている。登録が必要。
（インストーラはバージョンが古い。比較的新しいバージョンをpipでインストールすることができる。）

無料ソースとしても落ちている。
このサイトで見つけた。

Pymol_win_32.zip
をダウンロードして、任意のフォルダに解凍した。

事前にPython2.7がインストールされている必要がある。
自分はpython(x,y)を事前にインストールしておいた。
これは理系用のツールが最初から入ってるから便利（numpyとかmatplotlibとか）。
URL: https://python-xy.github.io/
ただし、32bit版しかない。
64bit版pythonを使いたければ、自分でbuildするしかなさそう。

あとは、batファイルを実行すればよいとだけ書いてあったが、謎のエラーで実行できない。
どうやら、環境変数のPYTHONPATHがないと怒られているらしい。

バッチファイルの中身を見てみると、、、

install_pymol.bat

@echo off
for /f "tokens=4" %%x in ('reg query HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Python\PythonCore\2.7\InstallPath') do set PYTHONPATH=%%x
IF not defined PYTHONPATH (
    echo Can't find Python 2.7. Please check your installation : install PYTHON 2.7
    pause 
    GOTO :EOF)

echo Wheel installation
%PYTHONPATH%\Scripts\pip.exe install wheel

echo PWN Installation (for tkinter windows)
%PYTHONPATH%\Scripts\pip.exe install Pmw-2.0.0-py2-none-any.whl


echo Numpy MKL Installtion
%PYTHONPATH%\Scripts\pip.exe install numpy-1.9.2+mkl-cp27-none-win32.whl

echo Pymol lib installation
%PYTHONPATH%\Scripts\pip.exe install pymol-1.7.5.0-cp27-none-win32.whl

echo PWN Graphic interface installation
%PYTHONPATH%\Scripts\pip.exe install pymol_launcher-1.0-cp27-none-win32.whl

echo DONE -- To run Pymol Launch : 
echo %PYTHONPATH%pymol.exe

pause

つまり、python2.7が使えて、pipが使えれば、このbatファイルの順序通りにpip installしていけばいい。

コマンドプロンプトを開く。一応開くときに、右クリックして、管理者権限で実行する（権限（permission）の問題で失敗するとめんどくさいので）。
cdコマンドで、Pymol_win_32.zipを展開したフォルダまで移動する。
まずは
pip install wheel
次も同様に
pip.exe install Pmw-2.0.0-py2-none-any.whl
順に、numpy+mkl、pymol、pymol-launcherをインストールする。

できた。

コマンドプロンプトでpymolと打ってみる。
pymolが立ち上がった。

以上と同じ手順がpymol wikiにも記載がある。
http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install

追記

これらzipファイルの中身の.whlファイルは
http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pmw
のサイトで見つけることができる。

いくつかバージョンがあり、
たとえばファイル名に含まれるcp35はpython3.5を示している。

cp27とwin32のものを探してインストールすれば失敗せずに成功した。

参考

pip installの失敗
http://stackoverflow.com/questions/28568070/filename-whl-is-not-supported-wheel-on-this-platform

windows にpymolをインストールする

追記

参考