mariaDB 5.5.52でのお話。全部ではなく一部のホストでこの動作が見られた。
個人的理解だと、ib_logfileは innodb_log_files_in_groupの数でrotateしながら書き込みしていくので、
切り替わりのタイミングくらいでしか両方のタイムスタンプが一致するなんてことはないって認識だった。

ちなみにib_logfileのサイズは1Gあるので、一瞬で書ききってるって可能性は低そう。
replication master <- slave でslaveだけ発生していたりする。

結論

ib_logfile0とib_logfile1があった場合、ib_logfile0側の先頭にだけcheckpointの情報をもったfieldが存在するため、
ib_logfile1側にlogを書き込んでいる間でも、ib_logfile0にもcheckpoint情報を書き込む際にioが走る。
ib_logfile0がactiveなときはib_logfile1のtimestampは更新されないっぽい。

たぶん、mariadbとか関係なく、おなじ挙動っぽい。
長いことmysql使ってるのに気づいてなかった...。見てるようで見てないもんだ。