VueifyのUsageには、下記のように書かれていますが、npm v3ではこれだけだと動きません。
npm install -D vueify
browserify -t vueify -e src/main.js -o build/build.js
これは、npm v3ではpeerDependenciesに定義されているライブラリは自動的にインストールされないためです。この状態でbrowserifyを実行するとエラーになります。
下記のようにそれらを個別にインストールしてあげる必要があります。
npm install vueify vueify-insert-css babel-runtime babel-preset-es2015 babel-plugin-transform-runtime vue-hot-reload-api --save-dev
browserify -t vueify -e src/main.js -o build/build.js
余談
そうなっている理由が今ひとつわかっていません。
npmではpeerDependenciesは廃止される方針ですが、下記コミットでむしろpeerDependenciesに依存ライブラリが移動されています。
理由は出力の一貫性のため、と書いてあるので、devDependenciesに定義していると、出力が環境によって異なるようなことがあるのかもしれません。とはいえ、ちょっとインストールのコマンドが長いですね。もう少し短くなればいいのですが。