TL; DR

VSCodeのショートカットの
「Markdown Preview Enhanced: Run Code Chunk」のWhen式を
editorLangId == 'markdown'
から
!findInputFocussed && editorLangId == 'markdown'
へ変更する。

※ 条件に!findInputFocussedを追加する。

背景

デフォルトのキーバインドだとShift + Enterに「前を検索」が割り当たっている。
When式はeditorFocus && findInputFocussedなため、検索フォーム選択時のみ動作するようになっている。

しかし、「Markdown Preview Enhanced」の拡張機能をインストールしていると、
同じShift + Enterに「Markdown Preview Enhanced: Run Code Chunk」も割り当たる。
When式のデフォルトがeditorLangId == 'markdown'のみなため、Markdownファイル内なら最優先で実行されてしまう。

そのため、「Markdown Preview Enhanced: Run Code Chunk」を「検索フォーム選択時以外」で動作させるようにすることで、
検索フォーム選択時には「前を検索」が実行されるようにした。