MongoDBの「orphaned documents」とは、シャーディング構成において、シャードノードをまたがるデータ再配置(チャンクマイグレーション)中に突然の異常終了(電源断等)が発生した際にできてしまう可能性のある、孤立した(orphaned)意味のないドキュメント。
MongoDBはシャードノードをまたがるデータ再配置の際に、マイグレーション元ノードとマイグレーション先ノードの両方にデータが存在するタイミングが発生するが、
その途中で異常終了があり、その後立ち上げると、どちらのノードにも同じドキュメントが存在する状態となる。
その時に、チャンクが定義されていないシャードノードにあるドキュメントは、orphaned documentsとなる。
チャンク定義が無いため、mongosはそこにドキュメントがある事すら認識できないため、orphaned documentsは意味のないドキュメントとなる。
このorphaned documentsを消すためには、2.6から導入されたcleanupOrphanedコマンドを使えばOK